Tóm tắt nhanh: Kiểm tra sau thông quan là gì? Đây là hoạt động kiểm tra hồ sơ, chứng từ và thực tế hàng hóa do cơ quan hải quan thực hiện sau khi hàng đã được thông quan, nhằm đánh giá tính tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp. Thời hiệu kiểm tra sau thông quan tối đa là 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai. OZ Việt Nam sẽ giúp quý doanh nghiệp hiểu rõ quy trình, rủi ro và cách phòng tránh.
Trong hoạt động xuất nhập khẩu, việc hàng hóa đã được thông quan không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan hải quan. Một trong những chế tài quan trọng nhất mà quý doanh nghiệp cần nắm vững chính là kiểm tra sau thông quan (còn gọi là hậu kiểm hải quan). Đây là công cụ quản lý rủi ro của Tổng cục Hải quan nhằm kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của việc khai báo hải quan, chính sách mặt hàng, mã số HS, trị giá, xuất xứ, thuế suất sau khi hàng hóa đã được giải phóng. Thời hiệu kiểm tra sau thông quan được quy định rất rõ: tối đa 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan, căn cứ theo Luật Hải quan 2014 và Nghị định 128/2020/NĐ-CP. Mời quý doanh nghiệp cùng OZ Việt Nam tìm hiểu chi tiết qua bài viết dưới đây.

Quy trình tổng quan kiểm tra sau thông quan — kiểm tra sau thông quan là gì
📋 Mục lục bài viết
- Khái niệm kiểm tra sau thông quan là gì (hậu kiểm)?
- Căn cứ pháp lý và thời hiệu 5 năm
- Các hình thức kiểm tra sau thông quan
- Quy trình kiểm tra sau thông quan chi tiết
- Rủi ro và mức xử phạt vi phạm hành chính
- Cách doanh nghiệp chủ động phòng tránh hậu kiểm
- Câu hỏi thường gặp về kiểm tra sau thông quan
I. Khái Niệm Kiểm Tra Sau Thông Quan Là Gì (Hậu Kiểm)?
Kiểm tra sau thông quan (hậu kiểm hải quan) là hoạt động kiểm tra của cơ quan hải quan đối với hồ sơ hải quan, chứng từ kế toán, sổ sách, báo cáo tài chính và các dữ liệu liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu đã được thông quan. Mục đích là xác minh tính chính xác, trung thực của việc khai báo, đối chiếu với hàng hóa thực tế để đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định về thuế, chính sách mặt hàng, quản lý rủi ro. Khác với kiểm tra tại cửa khẩu (tiền thông quan), hậu kiểm được thực hiện tại trụ sở doanh nghiệp hoặc tại cơ quan hải quan trong thời hạn 5 năm sau khi tờ khai được đăng ký.
📌 Phạm vi kiểm tra sau thông quan: Theo quy định tại Nghị định 128/2020/NĐ-CP, cơ quan hải quan có quyền kiểm tra tất cả các tờ khai đã thông quan trong thời hiệu 5 năm. Trung bình mỗi năm Tổng cục Hải quan thực hiện khoảng 8.000-10.000 cuộc kiểm tra sau thông quan trên toàn quốc, trong đó tỷ lệ phát hiện vi phạm chiếm 65-70%.
Quý doanh nghiệp lưu ý, hậu kiểm không chỉ kiểm tra về thuế mà còn kiểm tra chính sách mặt hàng (giấy phép, điều kiện nhập khẩu), mã HS, xuất xứ (C/O), trị giá hải quan và các chế độ ưu đãi. Việc doanh nghiệp bị kiểm tra sau thông quan thường dựa trên kết quả phân tích rủi ro từ hệ thống VNACCS/VCIS, phản ánh từ đơn vị kiểm định, khiếu nại của đối tác hoặc theo kế hoạch thanh tra định kỳ hàng năm của Cục Kiểm tra sau thông quan.

II. Căn Cứ Pháp Lý Và Thời Hiệu 5 Năm Kiểm Tra Sau Thông Quan
Khung pháp lý về kiểm tra sau thông quan được quy định chủ yếu trong Luật Hải quan 2014 (sửa đổi, bổ sung năm 2022), Nghị định 128/2020/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, và Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi tại Thông tư 39/2018/TT-BTC) quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan. Trong đó, thời hiệu kiểm tra sau thông quan là vấn đề trọng yếu.
05 NĂM
Từ ngày đăng ký tờ khai
ND 128/2020
+ TT 38/2015 sửa đổi
~67%
Năm 2025
📌 Thời hiệu kiểm tra sau thông quan: Căn cứ Khoản 1 Điều 34 Luật Hải quan 2014 và Điều 19 Nghị định 128/2020/NĐ-CP, thời hiệu kiểm tra sau thông quan là 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan. Đối với trường hợp vi phạm về trị giá, mã số, thuế suất, thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính là 2 năm, nhưng truy thu thuế có thể lên đến 5 năm.
Lưu ý quan trọng: Thời hiệu 5 năm chỉ áp dụng cho việc kiểm tra, xác định lại số thuế phải nộp (truy thu). Các hành vi vi phạm hành chính về khai sai (không dẫn đến thiếu thuế) có thời hiệu xử phạt 2 năm. Tuy nhiên, nếu hành vi vi phạm có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thương mại, thời hiệu xử phạt là 5 năm và có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi 2017).
III. Các Hình Thức Kiểm Tra Sau Thông Quan
Căn cứ vào Điều 17 Nghị định 128/2020/NĐ-CP và Thông tư 38/2015/TT-BTC, kiểm tra sau thông quan được thực hiện dưới ba hình thức chính:
- Kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan: Cán bộ hải quan yêu cầu doanh nghiệp cung cấp hồ sơ gốc, chứng từ kèm theo để đối chiếu tại chỗ. Thời gian kiểm tra tối đa 30 ngày làm việc.
- Kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp: Đoàn hải quan đến trực tiếp doanh nghiệp để kiểm tra sổ sách kế toán, chứng từ, hàng hóa tồn kho. Thời hạn tối đa 45 ngày làm việc, có thể gia hạn thêm 30 ngày.
- Kiểm tra tại nơi khác (kho, cảng, địa điểm tập kết): Áp dụng khi hàng hóa chưa được giải tỏa hoặc đang lưu giữ tại địa điểm ngoài doanh nghiệp.

Ngoài ra, còn có hình thức kiểm tra sau thông quan đột xuất khi có dấu hiệu vi phạm rõ rệt (chênh lệch tờ khai, phản ánh từ cơ quan kiểm định, tố giác…). Doanh nghiệp có trách nhiệm phối hợp, cung cấp đầy đủ chứng từ trong vòng 15 ngày làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu. Việc không hợp tác hoặc cản trở kiểm tra có thể bị xử phạt từ 5-20 triệu đồng theo Điều 12 Nghị định 128/2020/NĐ-CP.
IV. Quy Trình Kiểm Tra Sau Thông Quan Chi Tiết
Quy trình kiểm tra sau thông quan được thực hiện theo các bước chuẩn hóa dưới đây. OZ Việt Nam khuyến nghị quý doanh nghiệp nắm rõ từng bước để chủ động ứng phó.
-
1
Lập kế hoạch kiểm tra
Cục Kiểm tra sau thông quan hoặc Chi cục Hải quan xây dựng kế hoạch năm, dựa trên phân tích rủi ro từ hệ thống VNACCS, VCIS. Các tiêu chí: mặt hàng trọng điểm (hàng tiêu dùng, điện tử, dệt may), doanh nghiệp có tỷ lệ sai sót cao, trị giá khai báo bất thường. -
2
Ra quyết định kiểm tra
Thủ trưởng cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra sau thông quan (Mẫu số 13/KTSTQ ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC). Quyết định nêu rõ hình thức, thời hạn, thành viên đoàn kiểm tra. -
3
Thông báo và tiến hành kiểm tra
Doanh nghiệp nhận thông báo trước 3 ngày làm việc (trừ trường hợp đột xuất). Đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, chứng nhận xuất xứ (C/O), kết quả kiểm định nếu có. -
4
Đối chiếu và kết luận
Sau khi đối chiếu hồ sơ với thực tế (kiểm kê kho nếu cần), đoàn kiểm tra lập biên bản kiểm tra (Mẫu 16/KTSTQ). Nếu phát hiện sai phạm, sẽ ban hành kết luận và quyết định xử phạt vi phạm hành chính hoặc truy thu thuế. -
5
Xử lý khiếu nại (nếu có)
Doanh nghiệp có quyền khiếu nại kết luận kiểm tra trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận quyết định. Việc khiếu nại gửi lên cấp trên trực tiếp của cơ quan kiểm tra hoặc khởi kiện hành chính tại Tòa án.
Phân tích rủi ro từ dữ liệu VNACCS, VCIS, kế hoạch năm
Thủ trưởng cơ quan ký quyết định kiểm tra
Tại trụ sở doanh nghiệp hoặc tại cơ quan hải quan
Biên bản kiểm tra, quyết định truy thu hoặc phạt
V. Rủi Ro Và Mức Xử Phạt Vi Phạm Hành Chính Trong Kiểm Tra Sau Thông Quan
📌 Mức phạt khai sai mã HS: Căn cứ Điều 8 Nghị định 128/2020/NĐ-CP, hành vi khai sai mã số hàng hóa (HS) không đúng thực tế nhưng không dẫn đến thiếu thuế bị phạt từ 500.000 đồng đến 2.000.000 đồng; nếu dẫn đến thiếu thuế thì phạt 20% số thuế thiếu, tối thiểu 500.000 đồng. Hành vi trốn thuế có thể bị phạt 1-3 lần số thuế trốn.
Các hành vi vi phạm phổ biến bị phát hiện qua kiểm tra sau thông quan bao gồm:
| Hành vi vi phạm | Mức phạt chính | Căn cứ pháp lý |
|---|---|---|
| Khai sai mã HS (không thiếu thuế) | 500.000 – 2.000.000 đồng | Điều 8 ND 128/2020 |
| Khai sai mã HS dẫn đến thiếu thuế | 20% số thuế thiếu (tối thiểu 500.000đ) | Điều 8 ND 128/2020 |
| Khai sai trị giá hải quan | 20% số thuế thiếu | Điều 8 ND 128/2020 |
| Trốn thuế (gian lận xuất xứ, sử dụng C/O giả) | 1 – 3 lần số thuế trốn | Điều 17 ND 128/2020 |
| Không cung cấp hồ sơ, chứng từ cho đoàn kiểm tra | 5.000.000 – 20.000.000 đồng | Điều 12 ND 128/2020 |
📌 Truy thu thuế và lãi chậm nộp: Ngoài tiền phạt, doanh nghiệp còn phải nộp đủ số thuế thiếu và lãi chậm nộp tính từ ngày phải nộp theo quy định (0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp, căn cứ Luật Quản lý thuế 2019). Ví dụ: một lô hàng nhập khẩu thiếu thuế 50.000.000 đồng, sau 18 tháng mới bị phát hiện, doanh nghiệp phải trả thêm khoảng 8.100.000 đồng tiền lãi chậm nộp.
OZ Việt Nam khuyến nghị quý doanh nghiệp luôn bảo lưu đầy đủ hồ sơ gốc của các lô hàng ít nhất 5 năm, bao gồm: hợp đồng mua bán (sales contract), hóa đơn thương mại (invoice), vận đơn (bill of lading), danh sách đóng gói (packing list), chứng nhận xuất xứ (C/O), chứng từ thanh toán (L/C, chuyển tiền), tờ khai hải quan đã thông quan (bản điện tử và bản giấy), biên bản kiểm tra hàng hóa (nếu có) và các giấy phép nhập khẩu liên quan.

VI. Cách Doanh Nghiệp Chủ Động Phòng Tránh Hậu Kiểm
Thay vì bị động khi nhận quyết định kiểm tra, quý doanh nghiệp có thể áp dụng các biện pháp phòng ngừa sau để giảm thiểu rủi ro hậu kiểm:
📌 Dịch vụ hỗ trợ hậu kiểm từ OZ Việt Nam: Với kinh nghiệm xử lý hơn 600 lô hàng và đạt chứng chỉ VNACCS Mức 4, OZ Việt Nam cung cấp dịch vụ rà soát hồ sơ hải quan, tư vấn mã HS, trị giá, xuất xứ, đại diện làm việc với cơ quan hải quan khi có quyết định kiểm tra sau thông quan. Liên hệ hotline 0972.433.318 để được tư vấn miễn phí.
